Desde finales del siglo XIII, y especialmente durante el XIV, se va produciendo en España una secularización de las capillas musicales puesto que van extendiéndose desde los monasterios y las catedrales a las cortes y los palacios de los nobles.
El disfrute de la música se convierte en un rasgo distintivo de la buena sociedad, factor que incide en la contratación y mecenazgo de cantores y ministriles para amenizar eventos palaciegos y jornadas de ocio.
Las capillas de los Reyes Católicos son de las primeras de las que tenemos abundante información.
Y por por la documentación que nos ha llegado de las distintas cancillerías, podemos deducir que tanto Isabel como Fernando destacaban en sus respectivos reinos entre los monarcas europeos de su época por el volumen de músicos que tenían a su servicio.
La de Castilla estaba compuesta por entre dieciséis y veinte cantores, uno o dos organistas y hasta veinticinco mozos de capilla.
Por su parte, la del rey de Aragón pasó de doce cantores en 1476 a cuarenta y uno en 1515.
A diferencia de lo que ocurrirá posteriormente en la corte del Emperador, las capillas de los Reyes Católicos estaban principalmente integradas por músicos españoles y el repertorio interpretado, que ha llegado a nosotros gracias a los cancioneros, era mayormente nacional.
Algunos estudiosos sitúan precisamente en este periodo el germen de la música autóctona de España antes de la influencia flamenca posterior.
A su llegada a España, Carlos I trajo consigo una capilla integrada totalmente por cantores flamencos, que según algunas fuentes hereda de la capilla de su padre Felipe el Hermoso.
En cambio, entre los ministriles o instrumentistas sí que figuran nombres castellanos.
Se trata de músicos que tocan en romerías, desfiles y festividades o que amenizan las horas ociosas de los miembros de la familia real.
Algunos grandes nombres del Renacimiento español figuran en dicha capilla, como Antonio Cabezón, Cristóbal de Morales o los Mateo Flecha, el viejo y el joven.
Desde 1526, año en que contrae matrimonio el emperador con Isabel de Portugal, se tiene noticia de la capilla de la emperatriz, que tenía en nómina a músicos españoles y portugueses.
De los documentos de la época se intuye que los ministriles o músicos de las distintas capillas reales, lejos de trabajar con exclusividad, solían prestar sus servicios en las distintas formaciones.
Algunos de los nombres que aparecen al servicio de la emperatriz también figuran entre los músicos de su marido, Carlos I, de forma que su arte estaría a disposición en la medida de las necesidades de cada ocasión y miembro de la familia.
Las capillas musicales se heredaban de padres a hijos.
A la muerte de la emperatriz Isabel en 1539 su capilla pasó al servicio del príncipe Felipe y de sus hermanas, las infantas María y Juana.
Igualmente al retirarse el emperador al Monasterio de Yuste en 1556 algunos de los cantores flamencos de su capilla pasaron a la de su hijo.
Felipe II se encontró en 1556, año en que asciende al trono, con dos capillas: la capilla flamenca reflejo de la Casa de Borgoña que heredó de su padre y que este había recibido de Felipe el Hermoso, y por otro lado, la capilla castellana que le había llegado de su madre Juana.
No obstante, ambas capillas funcionaban como una sola, como la real capilla.
Parece ser que la parte española carecía de maestro y estaba dirigida por el maestro de capilla de la flamenca, mucho más grande y espléndida.
Los maestros de capilla del rey Felipe son casi todos extranjeros: Pierre de Machicourt (1559-1564), Jean de Bonmarche (1565-1570), Gerardo de Turnhoudt (1572-1580), George de la Hele (1582-1586) y Felipe Rogier (1588-1596).
Después de estos cinco viene el primer maestro de capilla español, el gran Mateo Romero, conocido como Maestro Capitán.
Los cantores de la capilla del rey Felipe eran reclutados en Flandes, igual los niños cantores o cantorcicos.
Cuando algún miembro causaba baja por muerte o enfermedad, o cambio de voz en el caso de los adolescentes, los emisores del rey se desplazaban hacia Europa para buscar candidatos de cara a cubrir las vacantes.
El proceso resultaba largo y tedioso, por los largos e incómodos viajes, y establecía unos lapsos importantes de tiempo en la reposición de miembros de la capilla.
Esto era especialmente notable en el caso de llevar a cabo la búsqueda de un nuevo maestro de capilla, una tarea que no solía concluir en menos de dos años (como se observa en la no concordancia de las fechas de sucesión de los maestros que hemos enumerado arriba).
La influencia flamenca en las capillas reales fue disminuyendo con los descendientes de Felipe II, los Felipes III y IV, hasta quedar por completo absorbida a lo largo del siglo XVII.